"Menjadi pusat pengembangan ilmu pengetahuan dan Teknologi Pertanian yang unggul, berkarakter, dan berdaya saing di tingkat nasional, dengan fokus pada pengelolaan pertanian berkelanjutan di wilayah lahan basah dan daerah perbatasan pada tahun 2030."

Untuk mewujudkan visi tersebut, Fakultas Pertanian Universitas Musamus menjalankan misi sebagai berikut:

1. Penyelenggaraan Pendidikan: Menyelenggarakan pendidikan tinggi di bidang pertanian yang berkualitas, inovatif, dan berorientasi pada pengembangan keterampilan praktis yang relevan dengan kebutuhan dunia kerja dan tantangan lokal.

2. Penelitian dan Pengembangan: Melaksanakan penelitian yang berfokus pada inovasi teknologi pertanian, optimalisasi lahan, serta konservasi lingkungan yang spesifik pada ekosistem dataran rendah dan kawasan perbatasan.

3. Pengabdian kepada Masyarakat: Melakukan pengabdian kepada masyarakat melalui penerapan hasil penelitian dan pendampingan bagi petani serta pelaku usaha pertanian untuk meningkatkan produktivitas dan kesejahteraan masyarakat lokal.

4. Penguatan Tata Kelola: Membangun tata kelola fakultas yang akuntabel, transparan, dan mampu menjalin kerjasama strategis dengan berbagai pihak (pemerintah, swasta, dan institusi pendidikan lainnya) untuk mendukung pengembangan ilmu pertanian.

5. Pengembangan Karakter: Menanamkan nilai-nilai karakter yang kuat, jiwa kewirausahaan, serta kecintaan terhadap kedaulatan pangan nasional kepada seluruh mahasiswa.